Le transport par rail gagne progressivement la confiance du corps des ponts et chaussées

Mais les ingénieurs ne le comprennent pas immédiatement

Certains ingénieurs des ponts et chaussées prennent très tôt conscience de ces lacunes.  Cependant l'administration du corps ne semble pas avoir prévu l'ampleur que prendra le réseaux de chemins de fer dans le système de transports et continue à entreprendre des grands travaux hydrauliques. Preuve de ce manque d’intérêt, les chemins de fer, contrairement aux routes ne sont pas figurés sur les cartes hydrauliques des ponts et chaussées.
Même au sein de l'école, le corps professoral n'est pas franchement enthousiaste. Le professeur Minard, dans ses  Leçons faites sur le chemin de fer à l'Ecole des ponts et chaussées en 1833-1834 assure que la traction  animale subsistera pour le transport des marchandises. Joseph-Michel Dutens, membre de la commission des canaux, exprime sa confiance envers l'avenir de la navigation fluviale, en accord avec l'administration des ponts, dans son Histoire de la navigation intérieure. 
Il n'est pas anodin de constater qu'au cours de cette même période, un grand nombre de jeunes ingénieurs, sans doute plus lucides, partent travailler pour des entreprises ferroviaires ou fondent leurs propres sociétés de construction de chemins de fer.

Le changement s'opère finalement à partir des années 1830

Même si les premières initiatives de construction des chemins de fer français viennent du secteur privé, certains ingénieurs comme Navier ou Prony ont suivi de près les innovations techniques de l'Angleterre. En 1827, la première voie de chemin de fer française, construite par les frère Seguin, est ouverte entre Andrézieu et Saint-Etienne.
Progressivement l’État finit par intervenir dans la construction des voies : à partir de 1842, il met en place un mode de financement calqué sur celui du plan Becquey pour les canaux. A partir de 1846, il commence à construire des voies de chemin de fer sans financement privé.
Dans ce contexte la navigation intérieure passe petit à petit au second plan. Même si les travaux programmés par le plan Becquey et par la loi du 19 juillet 1837 ne s’arrêtent pas, ils prennent du retard, faute de financement. Les nouveaux projets se font rares. Ce sont les innovations des ingénieurs des ponts et chaussées qui ont en fait permis de sauver l'avenir de la navigation fluviale : les barrages mobiles créées par Pierre Antoine Poirée et perfectionnés par Jacques Chanoine permettent d'améliorer considérablement les conditions de transport.